В будущем большая часть поверхности Земли стала непригодной для жизни. Человеческая популяция значительно сократилась после серии катастроф и военных конфликтов. Выжившие создали мобильные города-фермы, которые перемещаются в поисках сохранившихся ресурсов. Эти поселения стали целью атак неизвестных существ, превосходящих людей по физическим возможностям. Для противодействия угрозе были разработаны боевые машины под названием Франксы, управляемые пилотами. Молодой пилот Хиро регулярно участвует

В 5012 году Земля подверглась нападению инопланетных сил, известных как Машины. Они использовали роботизированные формы жизни, что привело к почти полному уничтожению человечества. Оставшиеся люди укрылись на Луне, где была создана специальная боевая единица андроидов YoRHa для борьбы с захватчиками. Андроид 2B является членом этого подразделения и известна своими боевыми навыками. Ее напарником становится андроид 9S, специализирующийся на разведке и хакерских атаках. 2B и 9S отправляются на